司令部は埼玉県の入間基地におかれ、隷下に飛行群（入間基地）、整備群（小牧基地）、救難教育隊（小牧基地）を擁しています。

更に、飛行群隷下には千歳・秋田・松島・新潟・百里・浜松・小松・芦屋・新田原・那覇の各救難隊と輸送業務にあたる三沢・入間・春日・那覇のヘリコプター空輸隊が所属し、整備群隷下には検査・装備・修理の各部隊があります。