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注意：
ネタバレを多く含みます。
ジーンダイバーを未見で内容を知りたくない方は、閲覧を控える事をお薦めします。
サブタイトル別の放映日・スタッフはサブタイトルデータへ。
■1〜4話（DVD／総集編1・2話）
1●絶滅動物をつかまえろ
2●仮想進化の世界へ
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3●謎の生物あらわる!
4●パックからのS・O・S
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バーチャルステーションでは、過去の世界を再現したバーチャル世界を構築、子供達はジーンダイバーとなり過去の世界を冒険していた。
第三紀鮮新世・450万年前の北米。唯は、負傷したヘミキオンの手当てをしている最中に現実世界へ戻される。唯に頼まれたアキラは、バーチャルシステムがメンテ中なのを知らずに唯を再び過去に送り込んだ。だが唯が現実世界に戻れなくなってしまった。ひとまず時間だけ現代に戻すが、そこは我々の世界とは異なっていた。
唯の前にネズミに似た知性体が現れる。唯はコンタクトを試みるが相手を怒らせてしまう。逃げ落ちた穴には、どんな生物やコンピュータとも会話できる猫・パックが住んでいた。そこにもネズミに似た知性体・プグラシュティクが現れ、虎哲は間一髪で唯を現実世界に戻す事に成功するが、パックが捕まってしまう。唯は再度バーチャル世界に入りパックを救出する。
■5〜8話（DVD／総集編3・4話）
5●バーチャル世界に異変あり
6●プグラシュティクの企み
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7●ミトコンドリア・イヴを守れ！
8●人類の起源へ
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プグラシュティク3戦士が我々人類の過去の世界、第四紀更新世・4万年前の北米に侵入。一方、バーチャルシステムが暴走を始め、バーチャル世界の出来事が現実に影響するようになってしまった。更にバーチャル世界には唯以外入れなくなる。彼らを追って4万年前に行く唯達は、モンゴロイドの村を襲うプグラシュティクのメカを撃退する。神様として迎えられる唯とパック。プグラシュティクはバーチャル世界の4万年前の各地で人類の血液を集めていた。
人類共通の祖先・ミトコンドリア・イヴの抹殺がプグラシュティクの目的と気付いた虎哲。遂にプグラシュティクが、ミトコンドリア・イヴのいる第四紀更新世・25万年前のエチオピアに出現。唯の奮闘空しくミトコンドリア・イヴは殺されてしまう。しかし何故か現実世界には何の影響もなかった。プグラシュティクの次の狙いが猿人と推測した虎哲は、唯達を第三紀鮮新世・350万年前のエチオピアに送る。
■9〜12話（DVD／総集編5・6話）
9●発見！プグラシュティクの弱点
10●決死の爆破作戦
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11●敵の正体を解析せよ！
12●パック捕まる
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猿人・アウスロラロピテクスの女性と遭遇する唯。危機を伝えるが猿人は理解できない。唯は超伝導バッテリーパックで作った爆弾でプグラシュティクを撃退しようとするが、完成前に彼らのメカが現れ、猿人の母親を殺害。ようやく唯に協力する猿人達。再度現れたプグラシュティクのメカに爆弾が炸裂し、作戦は成功した。
第三紀中新世・2000万年前の日本で、休息をとる唯とパック。虎哲は、正常な進化をしてないプグラシュティクが、人類を消して己の存在を確定したいのではと推測する。プグラシュティク3戦士が第三紀漸新世・3300万年前の中央アジアに現れるが、何故か唯のデータも一緒に存在していた。唯達も後を追うがパックが捕まる。パックを救出し、唯のデータのトリックも解明するが、同時に3戦士の仲が一枚岩でない事にも気付く。
■13〜16話（DVD／総集編7・8話）
13●大逆転への作戦会議
14●和平交渉成立せず！
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15●猛火に追われる原猿たち
16●女戦士 ティル
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作戦会議で、プグラシュティクと話し合いをする事に決定。強制的に呼び出すため、彼らの先祖・エピガウルスのいる第三紀鮮新世・450万年前の北米に行く唯達。やがてプグラシュティクが現れ、その1人・フラウと交渉する。しかし会話の途中でもう1人のプグラシュティク・ティルの奇襲があり、交渉決裂。プグラシュティクは次に第三紀始新世・5000万年前の北米に現れ、原猿を襲いはじめる。
燃えさかる森から原猿・スミロデクテスを救助する唯。直後にティルが地中から襲いかかる。唯を助けるつもりがティルも飛ばしてしまった虎哲は、第三期始新世・5500万年前の西アジアでティルを捕虜にする。ティルを追ってプグラシュティクが現れ、フラウと再度交渉するがまた決裂。虎哲は、バーチャル世界は始新世以前が未構築なので、プグラシュティクはもう時代を遡れないというが、暴走したバーチャル世界には、何故かそれ以前の世界も完成していた。
■17〜20話（DVD／総集編9・10話）
17●セラフィー誕生
18●三戦士の微妙な関係
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19●ターゲットは共通の祖先
20●敵のわなを見破れ！
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第三紀暁新世・5700万年前の西アジアで、ワニに襲われるティルを助け、手当てをする唯。その頃バーチャルステーションでは、虎哲の後輩・セラフィーが誕生していた。プグラシュティクが白亜紀末・6500万年前の北米に出現、唯達も向かうがティラノサウルスに襲われる。唯を助けたのはティルだった。ティルは仲間の下に戻るが、3戦士の1人、バンにそそのかされ、再び1人で行動する。
プグラシュティクの目的は、齧歯類と霊長類の共通祖先・クレードゼロを、自らが有利に進化するよう遺伝子改造する事だった。白亜紀後期・7000万年前の北米で、クレードゼロを保護する唯。一方、仲間から離れて白亜紀末を彷徨うティルは、隕石から出る謎のマイクロメカを目撃する。クレードゼロを守る唯だが、フラウとバンの急襲でパックを奪われてしまう。パックを餌にクレードゼロを要求する2人だったが、脱出したパックの機転で計画は失敗。
■21〜24話（DVD／総集編11・12話）
21●バン・ニーの策略
22●ティル 処刑さる！？
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23●フラウとティル 悲しき姉妹
24●決戦 巨大戦艦に潜入せよ！
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フラウとバンの攻撃で唯が負傷、クレードゼロも奪われる。遺伝子改造を試みる2人だが、必要な情報をパックに壊されていた。本国に援軍を要請した所、バンの策略により、フラウはリャナン家次期当主の座を失う。白亜紀末・6550万年前のアフリカに現れた、プグラシュティクの巨大戦艦と合流する2人。虎哲はティルを巨大戦艦に送り込んでみるが、バンの友好的な申し出（実は時間稼ぎ）に戸惑う。巨大戦艦はインドに移動、ティルはバンの計略で死刑が決まる。
ティルを救い、2人で逃亡を図るが射殺されるフラウ。虎哲により逃されたティルは、地面に潜る"謎の物体"を目撃する。パックと唯は巨大戦艦に忍び込み、クレードゼロ奪取を図るが見つかってしまう。続いてティルも送り込んだその時、"謎の物体"の影響で火山が噴火、溶岩流で巨大戦艦が沈没する。バンはティルに殺され、唯はクレードゼロを取り返し脱出。ティルは唯に「プグラシュティクの進化上の謎に人類は無関係」と告げて去る。
■25〜28話（DVD／総集編13・14話）
25●ティルがもどれない！
26●三畳紀の絶滅を探れ！
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27●不気味な巨大レンズ
28●進化ウイルスの謎
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バーチャルシステムの暴走は止まっていないが、唯やアキラは安息の日々を過ごしていた。虎哲もセラフィーの教育に余念がない。
ある日ティルから通信が入る。プグラシュティクの世界へ帰れないというのだ。ティルは虎哲に白亜紀末期に見た"謎の物体"や、マイクロメカの中の"進化ウイルス"の情報を伝える。地球の進化に何者かが関与しているのか？ まず三畳紀の大絶滅を調べる事にしたが、途中で寄った白亜紀末のインドで、ティルのメカが損壊、新メカ・ゲンゴロウに乗り換える。
高温乾燥化が進む三畳紀後期・2億2800万年前の南米とアフリカ境界では、衛星軌道上にある巨大レンズが地表を炙っていた。涼しい夜になって行動する唯達は、謎の流星とそこから飛散するマイクロメカを目撃。マイクロメカは特定の動物に"進化ウイルス"を植え付けていた。さらに調査を進める唯達は"謎の存在"と出会う。彼らは動物に"進化ウイルス"を無効化する"カウンターウイルス"を植え付けていた。
■29〜32話（DVD／総集編15・16話）
29●宇宙人あらわる！
30●進化への介入者
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31●異星人との接触（コンタクト）
32●エウロパ人壊滅する！？
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パックは異星人らしき"謎の存在"と交信するが、交戦状態になり脱出。唯達は次に、寒冷化の進むペルム紀末期・2億4500万年前のシベリアに飛ぶが、この時代の地球の周回にはリングが取りまいていた。虎哲は進化への介入者"スネーカー"も、対抗する異星人も、暴走したシステムが生み出したと推測。以前ミトコンドリア・イヴが殺された時に、現実に影響がなかったのもスネーカーのせいだった。唯達は北極圏で寒冷化を促す、リングから垂れた巨大カーテンを目撃する。
スネーカーのメカに倒された瀕死の異星人・ビター35と会う唯達。彼は、木星の衛星エウロパから来た事、ドライ6という人物を探して「ノーテイストは衛星に」と伝えてくれと言い、息絶えた。パックによれば、リングが消えると大変な事が起こるとも言ったらしい。リング消滅後、エウロパ人はノーテイスト（スネーカー）を誘き出すミサイルを発射。しかしスネーカーのメカがミサイルを破壊、エウロパ人基地も壊滅した。唯達は、唯一生き残ったエウロパ人・ドライ6と会う。彼は、虎哲がコンピュータだと知ると豹変した。
■33〜36話（DVD／総集編17・18話）
33●さらわれたパック
34●イクチオステガ救出作戦
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35●エウロパ人を問いただせ！
36●驚異！！スネーカーは実在する！
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パックをさらい逃走するドライ6。
（あらすじ紹介 工事中）
■37〜40話（DVD／総集編19・20話）
37●コンピュータ暴走の謎
38●息づく巨大生命体
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39●疑われた虎哲
40●パックの中のパック
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（あらすじ紹介 工事中）
■41〜44話（DVD／総集編21・22話）
41●セラフィーの正体わかる！
42●秘められたパックの伝説
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43●戦闘実行体の襲撃をかわせ！
44●生命誕生の時代へ
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（あらすじ紹介 工事中）
■45〜48話（DVD／総集編23・24話）
45●地球コンピュータ化計画
46●ジーンダイブの果て
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47●生命の起源を守れ！
48●月へ！
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（あらすじ紹介 工事中）
■49〜52話（DVD／総集編25・26話）
49●スネーカーの本拠地をめざせ！
50●不気味な月面基地
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51●地下迷宮の中へ
52●絶体絶命！！最強メカが襲う！
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（あらすじ紹介 工事中）
■53〜56話（DVD／総集編27・28話）
53●スネーカー出現！
54●幻影の渦の中で
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55●スネーカーが振り向くとき
56●人類の未来をかけて
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（あらすじ紹介 工事中）
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